学院拥有气相色谱仪、液相色谱、离子色谱、原子吸收分光光度计、总有机碳分析仪、原子荧光分析仪、差示扫描量热仪、元素分析仪、动/静态激光散射仪、扫描探针显微镜、全自动表面张力仪等单台价值10万元以上的大型科研专用仪器设备20多台套，价值800余万元，科研用房面积达3000平方米。

学院拥有国家级环境与化工清洁生产实验教学示范中心、湖北省化工清洁生产中心、湖北省化工环境污染控制工程技术研究中心武汉工程大学环境工程设计研究所、武汉工程大学节能环保技术研究中心等校级以上科研平台，设有制药化学研究所、环境化学研究所、环境保护研究所等科研机构。